Gus Dur berada dalam satu forum bersama Munir Said Thalib dalam sebuah kesempatan pada 27 April 2004. Munir adalah aktivis HAM dan anggota dewan KontraS (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan) yang teguh membela para aktivis korban penculikan Tim Mawar dan Koppasus. Pada 7 September 2004 Munir meninggal dunia karena diracun, tepat di tanggal Gus Dur juga merayakan hari lahirnya yang ke-64 tahun. Gus Dur pernah mengomentari Munir, “Terus terang, di antara para pejuang HAM,dia yang paling terkemuka. Dia tidak tergoda kemewahan hidup dan sebagainya. Yang dia lakukan hanya menolong orang.”