Sabtu 5April 2000, Gus Dur bersama Ibu Negara Sinta Nuriyah dan rombongan dari Indonesia mengunjungi Paus Yohannes Paulus II di Vatikan. Di ruang kerjanya, Paus Yohanes Paulus II menyambut Gus Dur dengan hangat. “Selamat datang, selamat datang”, kata Paus dalam bahasa Indonesia. Kunjungan ini sangat istimewa karena Gus Dur mengakhiri “kebekuan” tradisi kunjungan Presiden Indonesia ke Vatikan yang sempat kosong selama 28 tahun setelah kunjungan terakhir Soeharto di tahun 1972.