Pada 11 Juli 2003, Gus Dur mendapatkan gelar Doktor Kehormatan (Honoris Causa) di bidang kemanusiaan dari Universitas Netanya, Israel. Hubungan Gus Dur dengan Israel bisa dibilang cukup dekat. Sejauh ini, ia adalah satu-satunya presiden yang membuka jalur diplomatik dengan Israel. Alasannya sederhana, Indonesia tidak mungkin bisa berperan dalam perdamaian Palestina dan Israel jika tidak menjalin hubungan diplomatik dengan keduanya. Jauh sebelum menjadi presiden, Gus Dur pernah diundang oleh Perdana Menteri Israel, Yitzhak Rabin untuk menyaksikan penandatanganan perjanjian damai antara Israel dan Yordania pada tahun 1994.